Outils dédiés à l\'analyse génomique et transcriptomique des sarcomes.
Description du stage :
Lieu de travail :
Équipe INSERM U916 « Génétique et Biologie des Sarcomes »
Institut Bergonie - 229 cours de l’Argonne 33076 Bordeaux Cedex
http://www.bergonie.org/fr/basic-research/frederic-chibon.html
Durée des stages : 5/6 mois (à partir de mars 2012)
Contexte :
Les sarcomes des tissus mous sont des tumeurs mésenchymateuses malignes rares représentant 1 à 2% des cancers. Ces tumeurs posent un réel défi diagnostique et thérapeutique en raison de leur rareté et de leur grande hétérogénéité. La survie à 5 ans de ces cancers, tous types histologiques confondus, est de 55 %. Ces dernières années, l’évolution des technologies d’étude du génome et du transcriptome à grande échelle, a notamment permis à l’équipe d’étudier plus de 500 sarcomes et de définir une signature moléculaire prédictive de l’évolution métastatique. (Chibon & al. - 2010 - Nature Medecine).
Stage 1 :
L’objectif de ce stage est de mettre en place une base de données (SQL) regroupant les données génomiques, transcriptomiques et cliniques d’environ 900 sarcomes de différents types histologiques (sarcomes à génétique complexe, GIST, sarcomes à translocation). L’étudiant développera ensuite une interface web (HTML / PHP) qui permettra l’interaction avec ces données. Dans les perspectives de ce stage ou d’une éventuelle poursuite en thèse, l’étudiant développera des outils permettant des analyses bio-informatique et bio-statistiques sur l’étude combinée de l’ensemble de ces données (étude de survie dans des sous groupes, test de signatures moléculaires, comparaison de profils génomiques et transcriptomiques).
Le candidat devra avoir un niveau de Master 2 en bioinformatique de préférence et maitriser l’environnement Linux ainsi que les langages de programmation SQL, PHP et HTML. Des connaissances en bio-statistiques, R, génomique et transcriptomique seront appréciées mais pourront néanmoins être acquises au cours du stage.
Stage 2 :
Une étude bio-informatique a été réalisée sur les données génomiques et transcriptomiques d’une centaine de sarcomes. Cette étude a permis de mettre en évidence des voies biologiques communes aux différents sarcomes, mais dont l’activation n’est pas régulée par les mêmes gènes. L’objectif de ce stage est de corréler les données cliniques avec les résultats de cette étude en utilisant l’application Picviz (http://www.picviz.com/sections/opensource/picviz.html) afin de trouver des gènes spécifiques de sous types histologiques dans des voies biologiques ciblées. L’étudiant travaillera en collaboration avec Mr Saadé et Mr Tricaud créateurs du logiciel. Dans les perspectives de ce stage, l’étudiant réalisera une étude des données génomiques, transcriptomiques et cliniques de 900 sarcomes avec le logiciel Picviz.
Le candidat devra avoir un niveau de Master 2 en informatique avec un intérêt pour la biologie ou en bioinformatique avec des connaissances solides en programmation. La maitrise de l’environnement Linux est requise et la connaissance du langage Python serait un plus.
Comment repondre a l’offre de stage:
Contacts (CV/LM ou rensignements complémentaires) : Céline BRULARD (brulard@bergonie.org) et Fréderic CHIBON (chibon@bergonie.org)
